Клубът е основан на 1 август 1921 година под името Ботев. Първи председател на клуба е Петър Катранджиев. През 1923 г. възниква и Левски, който до края на 40-те години на ХХ век е най-популярният спортен клуб в граничния град.
След Втората световна война този клуб е преобразуван във физкултурно дружество. Просъществува до есента на 1949 г., когато в Свиленград са обособени няколко доброволни спортни организации на ведомствен принцип. През 1957 г. всички те се вливат в новообразуваното дружество за физическа култура и спорт Ботев.
Традиции под името „Граничар“
Сезон 1970/1971 тимът завършва на 7 място в Южната „Б“ група.
От 16 октомври 1971 година футболният клуб приема името “Граничар”, с което остава известен няколко десетилетия и гради своите по-постоянни традиции в българския футбол.
Още по време на първия си сезон с новото име – сезон 1971/1972, новоименуваният отбор „Граничар“ (Свиленград) постига и най-високото място в историята си в Южната „Б“ група (тогава „Б“ групите са две – Южна и Северна).
Отборът финишира на 5 място в крайното класиране и след 34 мача събира актив от 37 точки, колкото има и четвъртият Пирин (Благоевград). Граничар записва 17 победи, 3 равенства и 14 загуби, голова разлика 47:39 и оставя зад себе си отбори, сред които Родопа (Смолян), Димитровград, Сливен, Арда и други.
През следващия сезон 1972/73 отборът завършва на 14 място отново в Южната „Б“ група, но запазва мястото си в групата.
Изваждане на отбора от първенството
Сезон 1973/1974 обаче се оказва с неприятен край за местния футбол. Отборът е изваден от първенството поради непристойни прояви на футболистите му по време на мача им в Чирпан на 4 май 1974 няколко кръга преди края на сезона. В останалите мачове противниците на „Граничар“ печелят служебно.
Така след 4 поредни сезона в „Б“ група тимът отново се оказва при аматьорите.
Отново в „Б“ група след почти 30 години
След изваждането на тима от „Б“ група в края на сезон 1973/1974 следва дълъг период от 27 години, в които тимът се лута из аматьорските групи.
През сезон 2000/2001 обаче Свиленград печели промоция и от есента на 2001/2002 се завръща в „Б“ група. Още същия сезон обаче отборът изпада, след като завършва на 11 място от общо 13 тима с 20 точки, на 6 точки от спасителната зона, която заема Дунав (Русе).
Следват 5 сезона във „В“ група, за да се стигне до ново завръщане във втора дивизия. Това става през пролетта на 2007 година и така от есента на сезон 2007/2008 Свиленград е част от Източната „Б“ група. Този път тимът успява да се спаси от изпадане, като завършва точно над спасителната зона (12 място с 25 точки), като изпадат Бенковски Бяла и Хасково.
Сезон 2008/2009 се оказва доста по-добър и „граничарите“ финишират на спокойното 9 място отново в Източната „Б“ група, след като постигат 9 победи, 7 равенства и 12 загуби, голова разлика 32:40, за 34 точки.
Следва 12 място през сезон 2009/2010 в третия пореден сезон във втора дивизия.
Ново изваждане на Свиленград от групата
За жалост съдбата се повтаря и следва ново изваждане на Свиленград от групата – този път през лятото на 2010 година клубът не получава лиценз за участие в „Б“ група и се озовава в Югоизточната „В“ група (8 място през сезон 2010/2011).
Следва 4 място през сезон 2011/2012 в Югоизточната „В“ група, отново 4 място (2012/2013), 10 място (2013/2014), 9 място (2014/2015), 7 място (2015/2016), 13 място (2016/2017), 12 място (2017/2018), 16 място (2018/2019), 8 място (2019/2020).
Стига се и до лятото на 2020 година, когато Свиленград се отказва от участие в Трета лига и стартира сезона в Областната група на Хасково, която печели през сезон 2020/2021, но не влиза в Трета лига.
А през сезон 2021/2022 отборът отново е част от Областната група на Хасково.
Стига се до сезон 2022/2023, в който в Областната група се състезават два отбора с името Свиленград – единият е ФК Свиленград (Свиленград), а другият е Свиленград 1921 (Свиленград).
Обединение към успеха
През лятото на 2023 година двата клуба се обединяват. Новината съобщават президентите Христо Георгиев и Георги Георгакев. Те не скриха, че разбирателството е постигнато с активната намеса на кмета на общината арх. Анастас Карчев.
През сезон 2023/2024 вече има само един отбор с името ФК Свиленград (Свиленград), който печели групата и се завръща в Югоизточната Трета лига.
Класиране в последните сезони
| 2023/2024 | Областна група Хасково | 1 място |
| 2022/2023 | Областна група Хасково | 4 място |
| 2021/2022 | Областна група Хасково | 6 място |
| 2020/2021 | Областна група Хасково | 1 място |
| 2019/2020 | Югоизточна „В“ група | 8 място |
| 2018/2019 | Югоизточна „В“ група | 16 място |
| 2017/2018 | Югоизточна „В“ група | 12 място |
| 2016/2017 | Югоизточна „В“ група | 13 място |
| 2015/2016 | Югоизточна „В“ група | 7 място |
| 2014/2015 | Югоизточна „В“ група | 9 място |
| 2013/2014 | Югоизточна „В“ група | 10 място |
| 2012/2013 | Югоизточна „В“ група | 4 място |